Budynek dzisiejszego Zespołu Szkół Ogólnokształcących nr 11 im. Jana Pawła II w Krakowie został wzniesiony w 1961 r.

1 września tego roku pierwsi uczniowie przekroczyli progi budynku. Szkoła, wówczas podstawowa, otrzymała numer 8. Szybko wrosła w pejzaż pięknej i starej dzielnicy Krakowa - os.Oficerskiego.

Ładnie położona, na prawym brzegu rzeki Białuchy, w spokojnym zakątku dzielnicy, Szkoła Podstawowa nr 8 szybko zdobyła uznanie w środowisku. Pierwotnie placówka nosiła imię Stanisława Szadkowskiego, robotnika z dawnych  Zakładów Zieleniewskiego znajdujących się  na Grzegórzkach.

W połowie lat 80-tych, wraz ze zmianami politycznymi w Polsce, rozpoczęły się starania dyrekcji szkoły i rady rodziców o nadanie szkole nowego imienia. Spośród licznych propozycji większość ankietowanych uczniów, rodziców i nauczycieli wybrała na patrona Jana Pawła II. .13 grudnia 1990 r Szkole Podstawowej nr 8 nadano Jego imię.

Początek roku szkolnego 1991/92 był bardzo ważny w wieloletniej historii szkoły, gdyż zostało powołane do życia przez Kuratora Oświaty XXIV Liceum Ogólnokształcące. Od tej pory obie placówki tworzyły Zespół Szkół Ogólnokształcących nr 11.

W kwietniu 1996 r. miała miejsce kolejna bardzo ważna uroczystość w życiu szkół, nadanie XXIV Liceum Ogólnokształcącemu im. Jana Pawła II. Ksiądz Kardynał Metropolita Krakowski Franciszek Macharski poświęcił wówczas sztandar Zespołu Szkół i odsłonił tablicę pamiątkową ku czci Ojca Świętego.

Od 1998 r. w budynku przy ul. Wilhelma „Wilka” Wyrwińskiego 1 mieści się Gimnazjum nr 5. Uroczyste nadanie Gimnazjum nr 5 imienia Jana Pawła II odbyło się 18 kwietnia 2002 r. Ksiądz kardynał Franciszek Macharski dokonał wówczas odsłonięcia popiersia Ojca Świętego dłuta artysty Mariusza Wasilewskiego.

Rok szkolny 2003/2004 był ostatnim rokiem działalności Szkoły Podstawowej nr 8.

Dzisiaj w Zespole Szkół Ogólnokształcących nr 11 uczy się w 23 oddziałach blisko sześciuset uczniów. Opiekę dydaktyczną i wychowawczą sprawuje nad nimi 58 nauczycieli, dwóch pedagogów i psycholog.